Muhammed Han, babası Tekiş han’ın vefatı üzerine Harzemşahlar tahtına geçince, her saltanat devrinde olduğu gibi bağımsızlığını kazanmak isteyen zümreler başkaldırdılar. İlk başkaldıranlar Afganistan bölgesinde kalabalık kitleler halinde yaşayan Gurlar oldu. Onları bazı Türk Beylikleri ve malikler takip etti. Saltanat makamını ve otoritesini korumak zorunda olan Muhammed, önce küçük melikleri ve beylikleri etkisiz hale getirdi. Başkaldıran Gurlar üzerine gidemese de Gur sultanının vefat etmesi üzerine Harat’a girerek buradaki hâkimiyetini kesinleştirdi (1207). Muhammed Han, İç huzursuzlukları ortadan kaldırmıştı ancak Tekiş döneminde bertaraf edilen Karahıtaylılar yeniden güçlenerek Harzemşahlar’ın hâkimiyeti altındaki bölgelere yağma faaliyetleri başlatmıştı. Buhara’nın hâkimiyetini elinde bulunduran Karahıtaylılara taarruz ederek burayı da hâkimiyeti altına aldı (1207). Neredeyse 200 yıl boyunca Türk Yurtlarını tehdit eden Karahıtaylılar hem Harzemşahlara karşı başarılı olamamışlar hem de doğudan yükselen Cengiz Han liderliğindeki Moğol İstilalarına maruz kalmışlardı. Cengiz Han’ın ordularından kaçan Naymanlar Karahıtaylılar’ın hâkimiyeti altındaki bölgelere taarruz edince zayıflayan Karahıtaylılar, Buhara mağlubiyeti ile birlikte Harzemşahlar’ın hâkimiyetini kabul etmek zorunda kaldılar (1212).