200 yıl boyunca devam eden Karahıtaylı tehdidi artık ortadan kalkmış, Moğol kökenli Karahıtaylılar Harzemşahlar’ın tebası olmuşlardı. Ancak Karahıtaylılar’ın arkalarından batıya doğru ilerleyen daha büyük bir Moğol Tehdidi baş göstermişti. Cengiz Han liderliğinde birleşen Moğollar önce Çin’i ele geçirmiş, sonrasında ise karşılarına çıkan her şehri yağma ve talan ederek büyük bir vahşetle batıya yönelmişlerdi. Muhammed Han, Moğollara karşı koyamayacağını anlayıp ticaret münasebetlerini geliştirerek iyi ilişkiler içerisine girdi. Ancak birkaç yıl sürebilen bu iyi ilişkiler, Cengiz Han’ın ticaret kervanları ile birlikte Harzemşahlar’ın bölgesine gönderdiği casuslardan birinin ortaya çıkması üzerine bozuldu.